TKK Santo Yusup 3 berdiri pada tahun 1978 dan dikepalai oleh Pastor Joseph Wang, CDD. Pada saat itu para peserta didik hanya terdiri dari putra-putri para pedagang di sekitar Pasar Blimbing yang pada saat itu masih kurang memperhatikan pendidikan sehingga Kepala Sekolah berinisiatif untuk menjemput anak-anak untuk diajak bersekolah.
Seiring dengan berjalannya waktu, kesadaran masyarakat tentang pentingnya pendidikan semakin meningkat sehingga jumlah murid bertambah banyak. Untuk menjawab kebutuhkan masyarakat, maka pada tahun 1985 dibukalah KB Santo Yusup 3 yang lokasinya menjadi satu dengan TKK Santo Yusup 3 di Jl. Simpang Borobudur No.1, Mojolangu, Kec. Lowokwaru, Kota Malang, Jawa Timur.